SIstem IBS ini jika benar-benar dapat dilaksanakan dengan lancar tanpa banyak kerenah secara teorinya sepatutnya akan menjadi sistem yang terbaik, termurah sebab tidak memerlukan ramai pekerja di tapak, cepat kerana bahan binaan di bawa ke tapak dan boleh terus dipasang. Apa yang menjadi masalah adalah ramai kontraktor yang dilantik oleh JKR sendiri masih belum faham dan bersedia untuk melaksanakan sistem ini serta kadangkala meletakkan kos melaksanakan projek IBS hampir sama harga dengan harga kontrak konvensional. Setelah menerima projek untuk dilaksanakan baru kontraktor tersebut faham dan mengalami masalah untuk menyiapkan projek.
Apa yang sebenar berlaku adalah kosnya lebih mahal disebabkan jarak pengangkutan yang jauh dari tapak pembekal ke tapak bina umpamanya di Sabah dan Sarawak yang kaedah pengangkutan melaui laut dan sungai, bahan ada yang retak bila sampai di tapak, bilangan pembekal sistem yang terhad jadi pembekal tidak mampu menampung permintaan yang lebih dan kalau dapat dibekalkan masa yang akan diambil menjadi lebih lama kerana menunggu giliran.
Disamping itu kerajaan masih mensyaratkan supaya semua projek kerajaan mestilah menggunakan kaedah IBS dalam pelaksanaan kecuali projek-projek yang telah mendapat pengecualian yang diberikan oleh KPKR atas sebab projek kurang dari RM 10 juta dan terpencil di pendalaman.